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通过开发板的JTAG接口既能实现对FPGA器件的在线配置，也可编程串行配置器件。
以下配置皆以EP3C16为例，配置时要选对应的芯片型号，如:你用的芯片是Cyclone II系列的EP2C8,那么下面操作涉及到配置为Cyclone III的改为Cyclone II，涉及到配置为EP3C16的改为EP2C8
一：利用JTAG接口在线配置FPGA（掉电后配置丢失，需要重新下载）
在您编译完成后，就可进行配置信息的下载了，具体步骤如下：
1， Tools-> Programmer，打开Programmer对话框，如下图所示：


[[File:115105omeh7f730fhq76eq.jpg]]

2， 点击左上角Hardware setup,如下图：

[[File:115106gekey3eevk3llmy3.jpg]]

打开Currently selected hardware下拉菜单，选择USB_blaster,然后单击close：

[[File:115106nvc0szcpzcycwcz0.jpg]]

3， 点击Add file,选择Quartus ii 生成的SOF文件，之后勾选program/configure,如下图：

[[File:115106idfdukwd3tdwrfvk.jpg]]

4，点击Start,配置开始；
 
二：利用JTAG接口编程串行配置器件（掉电后配置不丢失）
开发板设计允许使用JTAG接口编程FPGA串行配置芯片，操作步骤如下：
1，在File菜单下拉菜单中选择convert/programming files，弹出对话框如下图：

[[File:115107ydsmbuducvc7duxd.jpg]]

2，如下图：

[[File:115107l99lpq98p99915le.jpg]]

3，如下图：

[[File:115108l30g3lww0el3lj0r.jpg]]

4，如下图：

[[File:115108rym05y54yb40tk0b.jpg]]

5，如下图：

[[File:115108yg5z4pxfc35t04nx.jpg]]

6，如下图：

[[File:115109v4f50vjppm1ze1fp.jpg]]

7，如下图：

[[File:115109dqibsei3riwiun3i.jpg]]

8，最终如下图：

[[File:115110kno0psonfo2xncx2.jpg]]

•点击Generate，几秒钟后会提示成功
•和下载sof配置文件类似，打开programmer对话框，进行设置，下载MODE选择JTAG,然后把刚才生成的jic文件加载进去，如图：

[[File:115110f8esoztg0j8boxam.jpg]]

•点击start开始下载，下载速度会有点慢，这是正常的，因为这个过程首先要对FPGA进行配置，之后再通过JTAG-ASMI bridge编程Flash。
之后切断电源，然后再次重新上电，之后FPGA重配置，说明程序已经固化成功。